1/ Interactions bactéries thioautotrophes-invertébrés dans le cadre des modèles chimiosynthétiques.
Bon nombre d'organismes marins, vivants dans des milieux réducteurs, présentent des associations symbiotiques avec des bactéries. Nous avons réussi à maîtriser complètement un système réalisé par le bivalve littoral (Codakia orbicularis), associé à une bactérie sulfo-oxydante intracellulaire qui colonise ses branchies. De manière plus générale, les bivalves tropicaux de la famille des Lucinidae offrent des perspectives de recherche intéressantes comme celles en cours sur la plasticité cellulaire et tissulaire de la branchie au cours de stress prolongé ou sur l'évolution de la population symbiotique intracellulaire sur des individus placés en stabulation. Cette famille de bivalves, contrôlable en laboratoire, devient un modèle générique essentiel pour comprendre les symbioses d'organismes de grande profondeur sur les sources hydrothermales ou les suintements froids. Ce type d'interaction impliquant des bactéries sulfo-oxydantes a également été recherché et étudié sur d'autres invertébrés colonisant des milieux réduits et hébergeant des bactéries thioautotrophesectosymbiotiques comme dans le cas des nématodes ou des organismes (protozoaires, bryozoaires, bivalves, etc.) colonisant des substrats organiques coulés comme les substrats végétaux (woodfalls) ou les vertèbres de cétacés (whalefalls).

2/ Organisation et fonctionnement de la mangrove en relation avec ses espèces sédentaires. Cette thématique concerne aussi bien des vertébrés (Poissons), des invertébrés (Mollusques), des protistes animaux et végétaux (vorticelles, diatomées, etc.) que le compartiment microbien (Eubactéries et archées). Il s'agit de mieux comprendre le fonctionnement de l'écosystème mangrove en se basant aussi bien sur les cycles géochimiques impliquant la flore procaryote complexe que l'on rencontre dans les sédiments de mangrove (cycles de l'azote, du soufre et du carbone) que sur les flux existants entre les espèces sédentaires résidant dans cet écosystème marin. C'est donc une thématique pluridisciplinaire (chimie, géochimie, physique, biologie) qui représentera un axe fort des prochaines années en se basant préférentiellement sur le compartiment procaryote (archées mésophiles géantes récemment mise en évidence dans ce milieu (Thaumarchées) et les cyanobactéries). La mangrove représente une biodiversité exceptionnelle pour ce type de micro-organismes avec des biomasses importantes et dont l'impact sur l'organisation et le fonctionnement de l'écosystème mangrove est inconnu à ce jour.